Los moriscos representaban en el siglo XVI una tercera parte de la población del reino de Valencia, unas 120.000 personas aproximadamente. La convivencia entre moros y cristianos debió ser pacífica y tolerante, pues ambas comunidades tuvieron que resignarse a guardar un respeto mutuo por razones de interdependencia económica y social. Pero no siempre fue así y hubo épocas de mucha hostilidad. Los cristianos generalmente aborrecían a los nobles y los moriscos eran muy buenos vasallos de éstos, pues trabajaban la tierra en unas condiciones que el cristiano nunca hubiera aceptado, estaban además acostumbrados a un nivel de vida mucho más bajo. Había muchas otras razones de índole política y religiosa entre ambas comunidades que alentaban la animadversión entre ellos, pues los musulmanes eran considerados enemigos de la patria y de la religión cristiana, pero la nobleza siempre estaba en primera línea para defender a sus vasallos moriscos ya que sin ellos peligraban sus intereses. Incluso habían sido armados unas décadas antes durante la revolución de las Germanías (1519-1522) En aquel conflicto, el partido nobiliario, enfrentado a los hermanados (clases mercantiles y menestrales urbanos), había reclutado a cientos de moriscos en la infantería de su ejército particular. Al caer derrotado los revolucionarios el partido nobiliario les habría permitido conservar el armamento para que actuara como instrumento de represión contra los hermanados. A partir de abril del año 1525 los musulmanes fueron obligados al bautismo forzoso, el rey Carlos I emitió un decreto mandando que los bautizados se les tuviera como verdaderos conversos y la Iglesia, a través del Papa, mandaba la predicación a los infieles para que se convirtieran y abandonaran sus ritos islámicos. La nobleza trató de entorpecer estos edictos sobre sus vasallos moriscos pues podría dificultar la paz en sus dominios. Carlos I fue más allá y en noviembre  de ese año decretó una solución total: o aceptaban el bautismo o habrían de salir de España. La mayoría de los moriscos terminaron por aceptar y, a cambio de aceptar el bautismo, consiguieron una tolerancia hacia sus hábitos y costumbres y el mantenimiento de las aljamas como comunidades dotadas de autonomía. Tras arduas negociaciones con el rey consiguieron diversos aplazamientos para su integración en la sociedad cristiana, aunque se sabe que seguían practicando sus ritos islámicos a escondidas. Pero en otras zonas los moriscos no estaban dispuestos a este bautismo forzoso y la situación estaba a punto de explotar, como así sucedió; en enero de 1526 estalló una rebelión morisca en Benaguacil en la que se alzaron unos cuatro mil moriscos y se atrincheraron en la Sierra de Espadán. El duque de Segorbe fue derrotado en una sangrienta batalla y, se vio en tal aprieto que tuvo que pedir ayuda al mismísimo rey quien dispuso de un ejército de tres mil soldados alemanes, (mercenarios lansquenetes) que, junto a las tropas del duque de Segorbe, terminaron con los sarracenos rebeldes en una batalla cerca de Ahín el 19 de septiembre de 1526. Los mudéjares perdieron muchos de sus bienes a causa de esta revuelta. El odio que engendró esta insurrección ya nunca se apagó. Cuando en 1559 Felipe II llegó al reinado hubo una amenaza muchísimo más grave que provenía del mediterráneo: el imperio turco. Los moriscos valencianos fueron los que, por su conocimiento de la lengua árabe y su situación costera, establecieron relaciones esporádicas con turcos y berberiscos, y hay numerosos datos que indican que ayudaban en muchas ocasiones a los piratas berberiscos en sus correrías y asaltos por las costas valencianas. Este cúmulo de circunstancias y la amenaza real de que el gran número de moriscos terminara aliándose con los turcos en un hipotético desembarco y ataque en la costa levantina, provocó que se tomara una drástica decisión; Desarmar completamente a los moriscos. No se podía permitir tener un enemigo armado en casa.